قومی جانچ ایجنسی (این آئی اے) کے سربراہ شرد کمار کے اس بیان پر بھارت اور پاکستان کے درمیان تنازعہ پیدا ہو گیا جس میں انہوں نے مبینہ طور پر کہا تھا کہ پٹھان کوٹ حملے کو انجام دینے کے لئے جیش محمد کی مدد میں اب تک پاکستان حکومت یا اس کی کسی ایجنسی کا کوئی ہاتھ نہیں ہے. کمار کے بیان پر تنازعہ کے بعد ہندوستان نے صاف کیا ہے کہ پٹھان کوٹ حملے میں پاکستانی شہریوں کا شامل ہونا 'ایک قبول جا چکا حقیقت ہے.'
آپ سربراہ کے بیان سے این آئی اے نے بھلے ہی قدم ھیںچ کے لئے ہوں، لیکن
پاکستان نے کمار کے بیان کا اپنے حق میں استعمال کرتے ہوئے کہا ہے کہ این آئی اے کے ڈائریکٹر جنرل نے جو کچھ بھی کہا ہے وہ طویل عرصے سے کئے جا رہے اس دعوے پر مہر ہے.
کمار کی جانب سے ایک ٹی وی نیوز چینل کو مبینہ طور پر دی گئی ایک تحریری انٹرویو سے یہ مکمل تنازعہ شروع ہوا. اس مبینہ انٹرویو میں کمار نے کہا تھا، 'نہیں. اب تک یہ دکھانے کی کوئی ثبوت نہیں ہے کہ حکومت پاکستان یا پاکستان حکومت کی کسی ایجنسی نے پٹھان کوٹ حملے کو انجام دینے میں جیش محمد یا مسعود اظہر یا اس کے ساتھیوں کی مدد کی. '